术后并发症常威胁生命，最常见的是术后胆管炎。50％，甚至高达100％。其发病机制最有可能是向上感染，但败血症很少见。肝组织的培养在发作过程中也很少得到细菌的生长。一些学者认为，这是肝门一致性的结果，阻塞了肝门淋巴外流，导致肝内胆管炎易感染。不幸的是，每次发作都会加重肝损伤，从而加速胆汁性肝硬化的过程。术后第一年容易发生，然后逐渐减少，每年4~5至2~3次。氨基糖苷抗生素10~14天，可退热，胆流恢复，第一年常预防性联合使用抗生素和利胆药物。另一个重要的并发症是匹配部位的纤维组织增生，胆汁停止，恢复胆汁循环的希望是25％。此外，肝内纤维化继续发展，导致肝硬化，部分病例发展为门脉高压、脾功能亢进和食管静脉曲张。
