(一)治疗
治疗前必须明确诊断。在没有实验室证据和真菌分离的情况下，最好的微生物，如放线菌、阿米巴和厌氧菌，会引起巩膜炎或角巩膜炎。
临床上，理想的抗真菌药物应无毒、广谱、易穿透眼组织。抗真菌药物需要长期局部点眼、结膜下注射、口服和静脉滴注。由于缺乏特殊的抗真菌药物和药物穿透眼组织较少，抗真菌药物的治疗效果受到限制。不同真菌株对抗真菌药物的敏感性差异较大。应选择有效的抗真菌药物治疗不同的真菌株。常用的抗真菌药物有多烯类(polyene antibiotics)、三唑类(triazoles)及其他类。
多烯类抗真菌药物能与敏感真菌细胞膜上的固酶结合，破坏真菌细胞膜的渗透性，影响真菌代谢，从而起到抗真菌作用。
二性霉素B(amphotericin B)，2~可用葡萄糖制成5mg/ml滴眼，高浓度刺激，应谨慎使用。每天或第二天在结膜下注射一次，200g/0.5ml，静脉滴注0.25～1mg/kg，溶于5％葡萄糖或果糖500ml，6h滴完。该药眼内通透性差，可损害肾功能，结膜下注射易致结膜坏死。二性霉素溶液不稳定、怕光，应新鲜配制、放冰箱中可保存4天。
那他霉素(pimaricin)，可配制广谱抗真菌药5％混悬液滴眼。巩膜炎或角巩膜炎愈合后每天不少于20次/6次d，保持2~3周。近年来，文献报道使用那他霉素和其他抗真菌药物，效果更好。
三唑是最有希望的抗真菌药物。
咪康唑(miconazole)广谱抗真菌药物，无毒，渗透性强。适用于不耐受二性霉素B严重的真菌性巩膜炎，疗效差。0.5％的滴眼液或1％眼膏点眼或5~10mg溶于生理盐水0.5ml每天或第二天在中结膜下注射一次，或点眼或结膜下注射交替使用。静脉滴注200mg加入5％葡萄糖250ml，1h滴完。甘油三酸和甘油三酸可能发生在全身。β蛋白升高。
酮康唑(ketoconazole)，毒性低、渗透性强的广谱抗真菌药物。2％溶液点眼，口服片剂易被血液吸收，100~300mg，3次/d。全身用药可渗透到角膜和房水中，但不能渗透到玻璃体内。用咪康唑点眼、结膜下注射同时口服酮康唑治疗真菌性巩膜炎，80％病人可以治愈。
氟康唑(fluconazole)唑环中含有3个氮原子，能抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成，从而起到杀菌作用。滴眼剂浓度为0.2％～1.0％，6～10次/d;结膜下注射0.5～1mg，每天或隔天一次，口服100~200mg/d，首次加倍，24h也就是说，有明显的效果。口服易吸收，可渗入脑脊液。(CSF)、房水、玻璃体。毒副作用小。
伊曲康唑(itraconazole)抗菌原理与氟康唑相同。体内外抗真菌活性一致，能有效抑制大多数致病真菌，尤其是曲霉菌。200mg，3周后真菌性巩膜炎治愈率80％。
赛普康唑(saperconazole)是一种亲脂三唑类药物，对曲霉菌活性强。治疗眼部感染时，口服100~200mg，1次/d;滴眼剂浓度为0.25％～0.5％;在结膜下注射5~10mg。与氟康唑相反，赛普康唑口服浓度较低，滴眼时44.17％药物具有生物活性。
治疗真菌性巩膜炎或角巩膜炎的首选药物。如果巩膜炎或角巩膜炎的抗真菌药物治疗不能控制组织溶解病变的发展，仍需手术治疗。手术的目的是直接切除病变。手术是治疗性巩膜或角巩膜切除活检，不仅切除局部感染病变，而且增加局部抗真菌药物的渗透性，提高抗真菌药物的疗效；对于更严重的巩膜炎或角巩膜炎病例，经适当的抗真菌药物治疗后，可进行巩膜移植和（或）板或渗透性角膜移植。
Judy报告1例巩膜扣带术后，醋酸泼尼松长期局部应用2~3个月，鼻下周围巩膜变薄，局部隆起，疼痛明显(图2)。手术检查显示结节为脓肿，烟曲霉菌通过培养生长。0.15％二性霉素B和口服酮康唑治疗，4周后没有临床反应，给予伊曲康唑代替酮康唑，以提高体内药物的渗透性，但仍没有改善，因此一个月后进行了简单的巩膜扣带移除。在接下来的4个月里，虽然二性霉素被多次清除和局部应用B口服伊曲康唑后，感染继续蔓延。然后口服伏立康康给患者。(voriconazole)200mg,2次/d，经过一周的治疗，眼部触痛消失，3个月后，红眼症状逐渐改善（图3）。伏立康对内生镰刀菌眼内炎和淡紫拟青霉菌眼内炎有良好的疗效，表明伏立康可能在未来治疗眼真菌感染中得到更广泛的应用。
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在治疗真菌性巩膜炎或角巩膜炎时，糖皮质激素可促进真菌生长。
(二)预后
积极的药物控制有望保存有用的视觉功能。
