真菌引起巩膜炎是一种真核微生物，广泛分布在空气、土壤和自然中，可分为酵母(yeast)、真菌(mold)和二态菌(dimorphic)。导致巩膜炎最常见的是丝状菌(filamentous)，如曲霉菌(aspergillus)、支顶孢菌(acremonium)。其他形成巩膜感染的是二态丝菌，如申克孢子菌、鼻孢子菌等，其中大部分是腐烂寄生菌，在全身或局部创伤和免疫力低下时发生机会性感染。危险因素包括意外创伤，特别是植物和土壤因素的巩膜和角膜创伤，以及眼科手术和全眼球炎、全身细菌和病毒感染、免疫系统异常、慢性消耗性疾病、长期角膜接触镜、静脉吸毒者、糖皮质激素、免疫抑制剂等慢性病。
