焦磷酸钙沉积并发症及伴发病主要有以下疾病：
1.甲状旁腺功能：焦磷酸钙沉积症患者20％～30％关节软骨钙化，10％～26％甲状旁腺激素(PTH)升高，2％～15％甲状旁腺功能亢进症随着年龄的增长而增加。但后者包括骨痛、骨质疏松症、身高下降、骨扫描骨吸收增加、血钙增加等。切除腺瘤后，血钙下降，症状消失，不同于焦磷酸钙沉积。
2、血色沉着：血色沉着时，体内铁质过多，能促进二水焦磷酸钙成核，抑制焦磷酸酶活性，因此血色沉着症患者中有一半有关节炎，50％关节炎者有X随着年龄的增长，线软骨钙化并增加。常见于第2~5掌间关节。50％患者血PTH大部分血钙水平正常。限制钙的摄入并不能改善二水焦磷酸钙的沉积。
3、痛风和高尿酸血症痛风：发生在中老年人，易合并高血压、肾病，应用利尿剂较多。患者多有肾功能障碍，因此常见的高尿酸血症。由于尿酸是二水焦磷酸钙的良好核剂，2％～8％焦磷酸钙沉积症并发痛风。而该沉积症与高尿酸血症则无相关关系。
4.甲状腺功能:甲状腺功能低下者血液中嗜水性粘多糖过多，可增加局部钙和焦磷酸浓度，在滑液中形成二水焦磷酸钙晶体，但无症状。甲状腺素可促进二水焦磷酸钙与免疫球蛋白的结合，引起关节炎。
