肥胖从病因的角度分为单纯性肥胖和继发性肥胖。单纯性肥胖不是内分泌疾病，但内分泌激素的变化很多，所以和一些内分泌疾病有很多相似之处，有时候很难鉴别诊断。
1.库欣综合征 呈向心性肥胖，肥胖程度一般不超过中度，皮肤紫线常见，女性患者可有小胡子、痤疮等男性表现。脊柱骨质疏松症和尿钙通常会增加。血浆皮质醇增加，昼夜节律消失，如肾上腺皮质肿瘤，地塞米松试验不受抑制。
2.甲状腺功能低下(简称甲状腺功能低下或甲状腺功能减退) 甲状腺体重增加是由粘液性水肿引起的，而不是真正的肥胖。患者表情淡漠，皮肤干燥无汗，脱发眉毛(尤其是外1/3)，甲状腺激素脱落。(T3、T4)降低水平，促甲状腺激素(TSH)上升，甲状腺吸131I降低率有助于识别肥胖。
3.下丘脑综合征 下丘脑有两种神经核调节饮食活动：腹外核为饥饿中心，腹内核为饱满中心。这两个中心由高级神经调节。精神紧张和精神刺激可以刺激饥饿中心产生饥饿感，从而增加饮食，导致肥胖。下丘脑本身的病变，如炎症、创伤、出血、肿瘤等，可以侵犯和破坏饱满中心，使人们失去饱满感，吃得更多，肥胖，可以根据病史、头部CT或MRI并对靶腺内分泌试验进行必要的鉴别。
4.胰岛B细胞瘤(胰岛素瘤) 由于反复低血糖，患者可根据反复低血糖、高胰岛素血症和胰腺导致肥胖，以防止低血糖发作，多吃。CT或MRI加以鉴别。
5.水钠潴留性肥胖 无明显内分泌紊乱，下午肢体肿胀，早上缓解，可进行垂直水试验鉴别。
