EAA临床表现取决于以下几点：①免疫吸入抗原。②接触粉尘的方式，如时间、次数、剂量等。③身体的易感性。接触粉尘的强度和次数是最重要的决定因素。EAA临床表现复杂，抗原多样，但一般可分为急性、亚急性和慢性。
1.急性 急性病例通常有明显的抗原接触史，典型症状有发热(有时高达)40℃)、咳嗽、畏寒、疲劳和呼吸困难。抗原接触后常出现症状4～6h出现，持续合同18～24h。体检可以发现患者发烧、呼吸困难甚至发绀。双肺有时能闻到湿声，但哮鸣声很少见。有些病例只发烧，所以经常被误诊为病毒或细菌性肺炎。急性症状的组织反应是肺泡和肺间质的炎症。炎细胞主要是淋巴细胞，其中大部分是细胞毒活性的CD8 T淋巴细胞与结节病所见CD4 T淋巴细胞主要是相反的。除淋巴细胞外，浆细胞和激活的肺泡巨噬细胞的数量也显著增加。炎症渗出有时可以在肺泡腔内看到。免疫荧光染色方法可以看到肺间质和肺泡间隔的抗原沉着，但免疫球蛋白或补充剂很少见到。闭塞性细支气管炎(OB)也有报道。随着急性症状的缓解，组织学变化可以逐渐恢复正常。
2.亚急性 临床症状相对隐藏，可出现咳嗽、咳痰、疲劳、呼吸困难、食欲不振、疲劳和体重减轻。双肺底部的爆裂声通常是主要的体检发现。一般来说，没有发烧。
3.慢性 可由急性或无急性表现转变。换句话说，肺纤维化可由反复大剂量吸入抗原或长期小剂量吸入抗原引起。后者在常年吸入室内环境和抗原的鸽子肺、空调性肺炎和其他疾病中更为常见。临床表现通常是进行性呼吸困难、疲劳、食欲减退和体重减轻。这些症状通常发生在疾病的晚期，通常发生在不可逆转的肺间质纤维化后。除可能的慢性咳嗽外，无急性慢性病例。一般没有早期症状和体征。弥漫性爆裂声可在体检中发现，晚期病例通常有呼吸衰竭和肺心病的体征。
对于急性患者，由于经常有明确的抗原接触史，因此不需要进一步检查。只要患者脱离抗原，症状逐渐缓解，诊断就可以确定。然而，如果患者的生活和工作环境中没有明确的过敏因素，吸入激发试验可以用来确定过敏原与临床症状之间的关系。虽然吸入激发试验有助于澄清过敏原与临床症状之间的关系，但它对患者有害，因为临床应用可能会导致患者EAA因此，临床使用受到限制。
对有呼吸道症状和限制性通气功能障碍的患者应怀疑EAA可能。对于预防肺间质纤维化，早期诊断很重要。仔细询问病史非常重要，不仅对诊断有重要意义，而且对发现也有重要意义EAA诱因有帮助。当病史上没有明确的线索时，临床怀疑是EAA实验室检查有助于诊断。
主要临床诊断标准：①血清中有抗原接触史或特异性抗体。②临床有EAA症状。③胸片或高分辨率CT符合EAA表现。
临床次要诊断标准：①双肺底音。②肺弥散功能降低。③血气分析显示动脉低氧血症。④肺组织学是一致的EAA的表现。⑤吸入刺激试验阳性。⑥BAL中淋巴细胞升高。至少可以建立4个次要标准和3个主要标准。
