为了找到病原菌，应根据实际情况从排泄物、呕吐物、粪便、剩余食物、电器等多个方面收集标本。
沙门氏菌、空肠弯曲菌、葡萄球菌、副溶血弧菌、蜡样芽胞杆菌、致病性大肠杆菌、变形杆菌、肉毒梭菌、小肠结肠炎耶尔森菌等临床细菌。
粪便培养对临床诊断具有重要意义，但有时粪便培养不一定有致病菌。
沙门菌是食物中毒的主要病原体之一，也是最常见的食物中毒原因，一般从患者粪便或呕吐物分离沙门菌金黄色葡萄球菌食物中毒：主要通过食物或粪便肠毒素检测诊断，因为受污染的食物加热后葡萄球菌被杀死。如果培养，就会产生负面结果，肠毒素在加热时不会被破坏。因此，肠毒素的检测可以通过动物试验来帮助。
副溶血性弧菌引起的食物中毒：主要由副溶血性弧菌污染水产品和泡菜引起，细菌引起的食物中毒主要通过细菌检测，但在粪便培养中，大多数病例第二天为阴性，只有少数2~4天可检测阳性，因此可疑病例应及时收集粪便培养，以免影响阳性检测率。
空肠弯曲菌引起的食物中毒是由食用弯曲菌污染的肉类或牛奶引起的。该病的诊断主要基于细菌学检测。
耶尔森菌引起的食物中毒：收集食物或粪便的标本进行细菌培养。
肉毒梭菌引起的食物中毒：主要由肉毒梭菌产生的外毒素引起，可疑食物通常应在现场进行细菌检测或动物试验。
婴儿肉毒梭菌中毒主要通过粪便中毒的检测确诊，粪便培养结果多为阴性。
