1.为了避免诱因 首先，我们必须控制广谱抗生素的应用，避免通用性，减少长期应用。由于疾病的需要，长期应用者不可避免地会在一定阶段间隔使用抗真菌药物，以防止肠道菌群紊乱导致致致病真菌过度生长。其他，如加强慢性病患者的营养，提高身体抵抗力；谨慎使用糖皮质激素和免疫抑制剂；保护口腔和肠粘膜生理屏障的完整性，减少创伤，有助于预防真菌性肠炎。
2.防止真菌污染，治疗原发病变 恶性肿瘤和血液病房应保持良好的通风和干燥，防止真菌繁殖，增加外源性感染的机会。对于抑制艾滋病等免疫功能的患者，及时发现和治疗鹅口疮等部位的真菌感染，避免继发性真菌性肠炎。对于静脉营养患者和血管导管检查和手术患者，严格进行无菌手术，防止真菌医院感染。
3.艾滋病
(1)血液病和恶性肿瘤患者:每天200万制霉菌素U口服，连用5～7每月可使用一次天。
(2)艾滋病患者:氟康唑或伊曲康唑每天100～200mg口服，每月应用5～7天，或两性霉菌素B每周100mg口服用霉菌素悬液漱口，3次/d，长期坚持。
(3)器官移植和肠道手术患者:50万制霉菌素U，3次/d，每天口服或氟康唑200mg术前3天和术后7天口服。
(4)低体重新生儿或早产儿:氟康唑12.5mg/kg口服。连服4～8周，可预防新生儿念珠菌肠炎。
(5)预防复发:真菌性肠炎，尤其是副球孢子菌肠炎，治疗后容易复发，尤其是艾滋病患者和其他免疫功能低下的慢性病患者。预防两性霉素B 50mg，静脉滴注或伊曲康唑每周一次200mg，1次/d，口服期间每月定期检查肝功能1～2注意药物的毒副作用。
