临床表现
1.念珠菌肠炎 是儿童最常见的，尤其是营养不良或严重衰竭的婴儿。主要表现为每天腹泻和大便10～20其次，它是水或豆腐渣，泡沫更多，黄绿色，可伴有腹胀、低热，甚至呕吐，但腹痛很少见。粪便标本碘涂层可以看到大量的发芽酵母和菌丝，主要是白色念珠菌。儿童经常伴有鹅口疮。患有基本疾病的患者在发病前往往有广谱抗生素史。免疫缺陷患者很容易发展为传播性念珠菌病。如果根据一般细菌性肠炎治疗，症状会加重，腹泻延迟，常数月不愈合，愈合后容易复发。
2.曲菌肠炎 最常见于患有基础疾病的体力劳动者，主要是由烟曲菌引起的。由于烟曲菌不是正常的肠道菌群，感染是外源性的，通常继发于肺曲菌病。曲菌有侵入血管的倾向，菌丝可穿透血管壁，导致血栓形成。曲菌肠炎的临床表现主要是腹痛和血便，可引起消化道出血，腹泻往往不典型，也缺乏念珠菌肠炎的延展，侵入血管后容易发展为传播曲菌病。
3.毛霉菌肠炎 由摄入真菌孢子污染的食物引起，常见于营养不良儿童或胃肠道慢性病患者。临床表现因受累部位和感染程度的不同而有很大差异。其特点是血管栓塞引起粘膜溃疡甚至穿孔，主要伴有胃感染和胃溃疡。可出现腹痛、腹泻、呕便，或肠穿孔引起腹膜炎，或侵入胃肠道血管，导致血液传播，疾病发展迅速，死亡率高。
4.由于吸入或摄入污染土壤中的孢子，组织细胞浆菌肠炎 在当地很受欢迎，在艾滋病患者或儿童中很常见。临床上，它类似于局限性肠炎或溃疡性结肠炎。病情缓慢，包括发热、消化不良、腹泻、黑便、腹痛，有时呕吐。常伴有肺部感染灶，但以肠炎为主要表现。
5.副球孢子菌肠炎 继发于肺部感染灶或经血传播。这种疾病也很受欢迎。主要见于巴西中部高原，经常接触土壤的人更容易患上这种疾病。病变主要在回盲部，导致溃疡性肉芽肿形成脓肿。病原体可通过淋巴传播到局部淋巴结、肝脏和脾脏。主要症状是腹痛，右下腹可接触肿块，伴有腹泻和呕吐。由于腹水和腹部淋巴结肿大，很容易误诊为结核或肿瘤。
6.地丝菌肠炎 地丝菌类似于念珠菌，是一种内源性致病菌。地丝菌肠炎多见于免疫缺陷和免疫抑制药、抗生素或糖皮质激素的慢性病患者。症状包括腹痛、腹泻、脓血便或粘液便，类似于痢疾，但脓血便中可发现大量地丝菌和矩形关节孢子。患者多伴有口腔地丝菌病，类似鹅口疮。
诊断
真菌性肠炎的诊断相对困难，大多数临床病例被遗漏或误诊，有些直到尸检才被发现。首先，由于临床症状一般不严重，缺乏特征性表现，少数甚至没有明显的腹泻，如曲菌肠炎；其次，由于实验室检查中确诊项目较少，部分项目难以推广和应用。因此，结合临床经验，需要采用多种方法对真菌性肠炎的诊断进行综合分析。
1. 组织胞浆菌和副球孢子菌肠炎的临床诊断是当地流行的，大多数患者是流行区居民或曾经去过流行区。条件致病真菌在正常情况下不会致病，只有当人体免疫功能低下时才会引起念珠菌、曲菌等疾病。如果临床表现不能用细菌或病毒感染来解释，抗生素治疗会加重症状，腹泻延迟，也有与广谱抗生素、免疫抑制药等免疫功能相关的基本疾病或其他原因，应考虑真菌性肠炎的可能性，及时进行粪便标本病原体检查或结肠镜检查活检。腹泻伴鹅口疮的患者不容忽视，必要时使用抗真菌药物进行诊断性治疗。
2.病原体诊断 包括真菌形态学检查和真菌培养。如果粪便标本直接通过镜检发现大量菌丝和孢子，并排除污染因素，则可诊断为真菌性肠炎。只有少量孢子可能是正常的细菌，这没有什么意义。真菌培养需要连续三次呈阳性，并结合临床实践进行诊断。双相真菌需要分别进行25℃和37℃在条件下进行培养和染色镜检查。鉴定真菌形态，或进一步进行动物接种试验，以确定真菌的致病性。
3.结肠镜检查是病理诊断 临床诊断和病原诊断的最终手段。在病理切片中发现菌丝和孢子是真菌感染的直接证据，曲菌、毛霉菌等真菌感染的病理变化具有特点和诊断意义。结果也可以通过动物接种试验来证实。
4.免疫诊断 检测真菌循环抗原最具诊断意义，但由于交叉反应，细菌种类往往无法确定。试验阳性提示感染适用于流行病学调查，对急性感染的诊断价值不大。特异性检测往往是假阴性的，由于免疫功能低下，应用范围有限。
