(一)治疗
1. 两性霉素B(二性霉素B)它是目前公认的首选药物。它可以选择性地与真菌细胞膜上的麦角甾醇结合，增加细胞膜的渗透性，渗透细菌中的物质，导致真菌死亡。第一剂量是0.5～1mg，第2天为3mg，第3天为5mg，以后每天都会增加5mg，直至每天0.5～1mg/kg，溶于新鲜配制5％葡萄糖溶液500ml4~避光，静脉滴注缓慢6h总剂量为2~3g，1993年，谭爱莲等国内报道了一组二性霉素的应用B (AMB)总剂量小于1g25例中，20例死亡。静滴中经常出现发热、寒战、呕吐等。解热镇痛药可口服，也可在静滴前半小时加地塞米松2~5mg，低钾血症、贫血、皮疹、心肌及肝、肾功能损伤等常见副作用，应定期检查血清钾、肝、肾功能、血常规及心电图。
AMB近年来，脂质体开始应用于临床实践。它使用两性霉素B (AMB)与脂质体混合，改变其凝结状态，从而成为单体的两性霉素B (AMB)慢慢释放在体内，增加感染灶中的两性霉素B (AMB)浓度，提高疗效，降低对身体的毒性。AMB脂质体最大的身体耐受性可达25mg/(kg·d)，而两性霉素B (AMB)最大用量为1mg/(kg·d)。严重病例可合并椎管内注射，首次剂量为0.05～0.1mg，用3～5ml稀释自体脑脊液后，加入1~2mg慢慢注入地塞米松，每次都会增加0.05～0.1mg，每周1～3次，
该方法可迅速减少脑脊液中隐球菌的数量，缓解颅内高压症状，副作用为发热、下肢麻木、暂时尿潴留、下肢疼痛无力等。目前仍有人认为20％～30％患者对AMB因此，提倡氟康唑或5氟胞嘧啶联合应用(5FC)。
2.氟康唑 抑制细胞色素P依赖酶可以抑制细胞膜麦角甾醇的生物合成，起到杀菌作用。这种药很容易通过血液-脑脊液屏障可达血浆80％艾滋病是隐球菌脑膜炎患者的首选。可口服或静脉滴注，每天200~400mg，副作用较轻，主要是恶心、呕吐和肝损伤。1998年，姚志荣等国内报道，一组隐球菌性脑膜炎患者应用二期治疗，前期两性霉素B (AMB)在合并鞘内注射静脉滴注，同时给予氟康唑，在脑脊液中培养转阴，继续使用氟康唑100~200mg直到CSF连续三次阴性后直接镜检停药，10例患者愈合，无复发。
3. 5氟胞嘧啶 通过阻断核酸合成来抑制真菌生长。这种药很容易通过血液流动-脑脊液屏障，但单独使用容易产生耐药性和两性霉素B (AMB)协同作用可以减少两性霉素B (AMB)从而降低其毒性。口服剂量为100~150mg/(kg·d)，总剂量为500～1000g(徐俊等，1996)。
一旦确诊，应立即进行抗真菌治疗。用药方式和疗程应个性化，一般总疗程为2.5~11个月停药指征为：临床症状和体征基本消失，CSF、常规检查正常、CSF直接镜检和培养阴性3~4周(每周1次)B (AMB)总量达1.5～3g以上。此外，甘露醇和呋塞米(速尿)等脱水剂应用于颅内压升高的患者；手术切除可考虑颅内脓肿或肉芽肿；脑脊液分流可用于严重脑积水，加强全身营养支持治疗。
(二)预后
目前该病死亡率仍较高，死亡原因主要为脑疝。早期误诊、用药剂量或疗程不足、多种基础疾病、脑脊液压力过高、激素或抗生素使用时间过长、预后差、脑神经瘫痪、肢体瘫痪、脑积水等后遗症。
