这种疾病的临床表现、脑脊液常规和影像学特征与结核性脑膜炎非常相似。两者的鉴别取决于病原学证据。此外，还应鉴别病毒性脑炎、脑脓肿、颅内肿瘤、脑猪囊尾虫病（囊虫病）。
其他脑部真菌病和曲菌病(aspergillosis)和毛真菌病(mucormycosis)，还应注意识别。
1.曲菌病(aspergillosis) 是一组由曲霉菌引起的慢性真菌病。曲菌作为一种条件致病菌，广泛存在于自然界和人类皮肤粘膜表面。本病为慢性或亚急性疾病，少数免疫功能严重低，主要表现为脑脓肿引起的颅内占位性疾病症状，常有发热、头痛、恶心、呕吐、癫痫发作。此外，根据不同的感染方式和脓肿的形成部位，出现偏瘫、失语症、共济失调、精神异常、视力缺陷等不同的局灶性症状，严重者可死于脑疝。
颅脑CT或MRI常显示单发或多发性脑脓肿、脑梗死、出血性梗死等变化。直接涂抹或培养痰、鼻涕、脓等原发感染部位的分泌物，可以找到菌丝和孢子，但不能作为诊断依据，因为曲霉可以寄生在这些部位。血清或脑脊液PCR检测曲霉菌DNA，对早期诊断具有重要意义。病理检查发现病变组织菌丝和孢子具有最大的诊断意义。
2.毛真菌病(mucormycosis) 是一种罕见的致命真菌病，由毛霉真菌引起。主要侵犯鼻、脑、肺、胃肠道和皮肤，严重者可通过血液传播到全身，其中脑毛真菌病最常见。糖尿病酸中毒是主要的诱发因素，其次是免疫缺陷性疾病、抗生素、免疫抑制药、器官移植等患者。感染通常发生在鼻甲、鼻窦或咽部，引起蜂窝织炎，进一步侵犯眼眶到脑、脑膜；也可侵入局部血管，通过颈部动脉到大脑。
这种细菌一旦侵入大脑，就会迅速引起脑炎和脑膜炎。多为急性疾病，少数为亚急性或慢性疾病。早期表现为鼻塞、头痛等鼻窦炎症状，然后出现发热、单侧面部肿胀、疼痛，鼻腔内有暗红色分泌物流出。侵入眼睛会导致眼睑水肿、眼球突出和活动有限、瞳孔扩张、视力下降甚至失明。大脑和神经常受到影响，第一V、Ⅶ脑神经损伤最常见，包括周围性面瘫、面部麻木和角膜反射消失。动脉血栓形成可导致偏瘫和失语症，部分脑膜刺激征、头痛、呕吐和意识障碍。晚期，脑疝主要是由颅内压升高引起的。
颅脑CT或MRI显示脑脓肿、脑梗死、鼻窦混浊、骨损伤、少数脑出血等变化。感染部位的分泌物，如脓液和血液，可以通过镜检或培养直接发现毛霉菌。组织病理学发现细菌最有意义。
