在慢性进化过程中，肠结核可出现各种并发症。
1、肠梗阻：这是该病最常见的并发症，主要发生在增生性肠结核病。溃疡性肠结核由于相邻腹膜粘连而拉扯、束缚和压迫肠曲线，或因肠溃疡愈合而有疤痕收缩，可导致肠狭窄引起梗阻。梗阻多为慢性进行性，常为部分性，程度不同，延迟时间长，会严重影响患者的营养状况。少数可发展为完全性肠梗阻。
二、肠穿孔：发病率次于肠梗阻，排名第二，主要是亚急性或慢性穿孔，可在腹腔内形成脓肿，溃疡后形成肠瘘。急性穿孔较少见，常发生在梗阻近端极度扩张的肠曲，或多段肠狭窄引起的闭锁性肠梗阻。溃疡性肠结核虽然有肠曲周围的组织粘连，但溃疡一般不穿透进入游离腹腔，但溃疡可以深入穿透，导致急性穿孔。
3、其他：腹膜炎、肠粘连、肠套叠、收缩性憩室等。
