手术治疗是治疗这种疾病的唯一有效方法。手术的主要目的是通过骨缝重建或颅骨切割重建新的骨沟，增加颅腔，以确保大脑的正常发育。手术治疗的两个基本目的是修复颅骨的正常解剖，并利用第一年婴儿期大脑发育的强大驱动力。因此，理论上，手术时间越早，效果就越好。手术应在出生后7个月内进行，预后较好。手术越晚，效果就越差。
目前，狭窄颅骨的手术治疗指征还没有统一的标准。由于手术的目的不同，其指征也不同。手术指征包括整形手术指征、功能恢复指征、心理学和社会学指征。有时心理和社会学因素决定手术指征，手术必须得到家庭成员的完全同意。
近年来，一些医生对狭窄的颅骨患者进行了全颅重建，先切断前额骨，然后将其固定在正常位置，以有效地纠正前额骨、眶上缘和前额鼻角的畸形。游离大颅骨瓣后，随意重新排列，可塑造符合正常解剖的头部，为狭窄颅骨的手术治疗开辟了新的、可行的途径。