急性肠系膜上动脉栓塞或血栓形成的大部分栓子来自心脏，如风湿性心脏病和慢性心房纤颤的左心房、急性心肌梗死后的左心房、以往心肌梗死后形成的壁栓形成、心内膜炎、瓣膜疾病或瓣膜置换术后，也可自行脱落或心血管导管手术引起的脱落。
肠系膜上的动脉与腹主动脉呈锐角分离，几乎与主动脉平行，与血流的主流方向一致，因此栓子容易进入形成栓塞。在充血性心力衰竭、心肌梗死、失水、心脏输出突然减少或大手术后血容量减少等一些诱因下，几乎所有急性肠系膜上的动脉血栓形成都发生在原有动脉硬化狭窄的开口处。偶尔也可由夹层主动脉瘤、口服避孕药和医源性损伤引起。
