多发性骨软骨瘤病的存在不一定需要切除术。只有当局部疼痛或压迫症状发生时，才能考虑切除有症状或引起症状的骨疣。手术方法与孤立性骨软骨瘤相同。切除时，覆盖的骨膜必须一起切除，否则容易复发。如果恶变成软骨肉瘤，可采用肿瘤原位分离插入式微波天线灭活术，异体骨可重建骨缺损。骨盆恶性变化难以处理。由于不易完全切除，复发率很高。如果可能的话，半骨盆切除术应该在早期进行。
对于严重的骨畸形，患者成年后可进行截骨矫形或骨切除术；可行的桡骨头或尺骨头切除术，结合肱桡关节或下尺桡关节脱位，前臂旋转功能明显有限；对于手尺明显的可行桡骨下端截骨术和胫骨明显外翻的可行胫骨近端截骨术。
