1、直接检查方法：在急性期，可以用新鲜血液检查病原体，或者用吉姆萨染色检查厚血涂片，或者离心后检查漂浮在血凝块的上清液，检查锥虫鞭毛体，或者组织活检，检查假孢囊中的无鞭毛体。
2、动物接种：确诊“金指标”，让实验室培养的猎虫吮吸疑似克鲁斯锥虫感染者的血液4~6周后，检查猎虫直肠，发现锥虫。这种方法非常特殊，只要外周血中有少量锥虫，就可以诊断出来。
3、聚合酶链反应：在血液和组织中测量克鲁斯锥虫的特异性DNA片段，应用此法，要10ml血液中有一个锥虫，就像动物接种一样，这种方法的特异性高达100％，敏感性也很高，甚至可以代替动物接种，但对于晚期，慢性Chagas病人的敏感性并不理想。
4、血清实验：抗克鲁斯锥虫抗原是目前临床上的主要诊断方法。IgG抗体，这种抗体出现在感染后4~6周，并终身存在。虽然该方法具有较高的诊断价值，但其滴度与疾病的严重程度无关，也没有证据表明抗体对疾病的影响。常用的方法有：补体结合试验、间接免疫荧光抗体测定和酶联免疫吸附试验。
5、右心室内膜心肌活检：这种方法可以用来了解较轻或较晚的心肌损伤程度，但通常不会发现锥虫。
6、X线检查：可显示巨食管和巨结肠，可发现心脏扩张和特殊心尖动脉瘤。
