1.直接检查方法 急性期可用新鲜血液检查病原体，或用吉姆萨染色检查厚血涂片，或离心血液后检查上清液漂浮在血凝块中，找到锥虫鞭毛体。也可以组织活检，在假孢囊中找到无鞭毛体。
2.动物接种 诊断“金指标”。让实验室培养的猎虫吮吸疑似克鲁斯锥虫感染者的血液4~6周后，检查猎虫直肠，发现锥虫。这种方法非常特殊，只要外周血中有少量锥虫。
3.聚合酶链反应 测量血液和组织中克鲁斯锥虫的特异性DNA片段。用这种方法，要10ml血液中有一个锥虫可以找到。该方法的特异性与动物接种相同100％，敏感性也很高，甚至可以代替动物接种，但对于晚期和慢性Chagas病人的敏感性并不理想。
4.血清实验 是目前临床上的主要诊断方法，可发现抗克鲁斯锥虫抗原存在于感染者体内IgG抗体。这种抗体在感染后4~6周出现，并终身存在。虽然该方法具有较高的诊断价值，但其滴度与疾病的严重程度无关，也没有证据表明抗体对疾病的病程有什么影响。常用的方法有：补体结合试验、间接免疫荧光抗体测定和酶联免疫吸附试验。
1.本法可用于右心室内膜心肌活检 较轻或较晚的病例，但通常不会发现锥虫。
2.X线检查 可显示巨食管和巨结肠。可发现心脏扩张和心尖动脉瘤的特殊迹象。
