除恶性淋巴源性肿瘤外，绝大多数原发性纵隔肿瘤只要没有其他禁忌症，就应进行手术治疗。即使良性肿瘤或囊肿没有症状，手术治疗也是合适的，因为它会逐渐增加，压迫相邻器官，继发感染，甚至恶性变化。
恶性纵隔肿瘤侵入邻近器官，不能切除或远处转移的，可根据病理性质进行放射性或化学药物治疗。良性肿瘤手术效果良好。恶性肿瘤应采用手术综合治疗。
手术应根据肿瘤所在部位的具体情况选择合适的切口。肿瘤组织应尽可能完全切除，并注意纵隔内重要器官和组织的保护。如果肿瘤粘附在手术中，必要时可以切除并修复。
无论原发性纵隔肿瘤是良性还是恶性，只要远距离转移和呼吸循环系统功能障碍不明确，都应首选手术治疗。此外，缓解器官压迫也是手术的适应症之一，但必须充分估计肿瘤切除的可能性，并考虑手术的优缺点。有时，为了明确病理诊断，为进一步治疗提供依据，也可以考虑胸部剖腹检查。非手术治疗通常包括适当的放疗、化疗、免疫治疗和中医治疗。经过合理治疗，大多数纵隔肿瘤患者恢复顺利，少数应特别注意，如伴有严重肌无力的胸腺瘤患者，应警惕肌无力和胆碱危象的发生，一旦发生，应果断进行气管插管或气管切割。
