先天性巨结肠的治疗包括非手术治疗、肠造瘘和根治性手术。一旦确诊，一般应进行巨结肠根治术进行根治。非手术治疗适用于轻度疾病、诊断不完全确定、术前准备等，首先，用开塞露刺激肛门、直肠，引起儿童排便，然后用生理盐水清洗肠道等。肠造瘘适用于并发性小肠结肠炎、肠穿孔或全身营养状况较差的患者，通过手术将正常肠管拖出固定腹壁，形成瘘管，使大便排出，这是一种过度的治疗措施，大约1到2个月后再进行巨结肠根治术。先天性巨结肠儿童由于肠道痉挛狭窄，胎便无法通过，因此24至48小时内无胎便排出，或只有少量，必须用开塞露或灌肠等方法治疗，才能有较多的胎便排出。一般在2至6天内可出现部分性甚至完全性低位
肠梗阻症状，出现呕吐，但也可能是频繁的，也可能是由于近端结肠结肠功能变化，由于近端结肠功能不良好，因此，乙状结肠结肠没有直肠功能，有直肠功能，有直肠功能，导致大便结肠功能逐渐变化，所谓的大胆汁，所谓的大胆汁，所谓的大胆汁，所以是由于近端结肠结肠，所谓的大胆汁，所谓的大胆汁，所谓的大胆汁，所谓的大胆汁，所以没有极端结肠结肠结肠结肠结肠功能。
