急性血吸虫病有发热、肝肿大压痛、腹痛、腹泻等症状，需要鉴别伤寒、阿米巴肝脓肿、败血症和结核性腹膜炎；肺异位病变需要与小米结核病进行鉴别。血象中嗜酸性粒细胞的显著增加具有重要的鉴别和诊断价值。慢性和晚期血吸虫病应与无黄疸的梅毒性肝炎进行鉴别。后者食欲减退、疲劳、肝区疼痛和肝功能损失明显，嗜酸性粒细胞不增加，乙型肝炎表面抗原检测呈阳性。血吸虫病患者腹泻便血应与阿米巴痢疾和慢性细菌痢疾进行鉴别，前者粪便孵化呈阳性。晚期血吸虫病脾腹水大，不易与门脉和坏死性肝硬化鉴别。前者常有慢性腹泻、黄疸、蜘蛛痣、肝掌罕见，肝功能损失较轻。
