(一)病因
1.病原菌 可由多种致病菌引起，感染大肠埃希杆菌(Escherichia coli)其次是副大肠杆菌、变形杆菌、产气杆菌、链球菌、克雷白杆菌、铜绿假单胞菌(pseudodomonas)、偶尔由支原体、病毒或真菌引起的葡萄球菌、鼠伤寒沙门菌等。
2. 感染途径如下：
(1)血行感染:是新生儿泌尿系感染最常见的途径，常见于败血症(septicemia)、化脓性脑膜炎、肺炎(pneumonia)、脓疱病与新生儿免疫功能低有关。
（2）向上感染：新生儿尿路的特点是肾盂和输尿管较宽，输尿管壁肌肉和弹性纤维发育不良，弯曲大，易压缩扭转，易尿潴留引流不良，引起感染；新生儿膀胱-输尿管连接处的瓣膜功能较弱。当膀胱充盈压力升高时，尿液容易逆流感染。新生儿尿道只生长1cm(性成熟期为3～5cm)，外口暴露，靠近肛门，因此有更多的上升感染机会。虽然新生儿男婴尿道较长，但每次排尿时膀胱内的尿液不易排空，特别是包茎儿童，污垢积累也容易发生上升感染，上述特征是上升感染容易发生的因素。
（3）淋巴感染：肠肾、泌尿道、新生儿肠道感染，特别是大肠埃希杆菌性肠炎、鼠伤寒沙门菌肠炎，容易引起泌尿系统感染。
(4)直接感染:很少见，但邻近器官或组织有化脓性感染，如化脓性腹膜炎、肾周围脓肿等，可直接影响泌尿道。
(二)发病机制
1.新生儿易患泌尿系统感染的因素
（1）生理特征：由于尿布的使用，尿道口容易受到粪便污染；新生儿抗菌能力差，易患败血症，导致细菌血液传播。此外，一些儿童膀胱粘膜产生表面蛋白，这是一种高度亲和力的受体和细菌细胞壁上的抗原，使这些儿童更容易发生泌尿系统感染。
(2)先天性畸形(congenital deformity)及尿路梗阻(urinary obstruction)：肾盂连接处狭窄，后尿道瓣膜、输尿管囊肿或异位输尿管，可引流不畅，继发感染。
(3)膀胱输尿管反流(vesicoureteric reflux)：正常情况下，膀胱内尿液充盈排尿时，可压迫膀胱壁内行走的输尿管，使其闭合尿液无法反流。新生儿期，由于膀胱壁内行走的输尿管短，排尿时输尿管关闭不完全，容易反流。膀胱输尿管反流时，肾盂肾炎容易发生(pyelitis)。
2.病原菌 病原菌多为革兰阴性细菌，细菌毒性强，细菌产生细菌毛发，可粘附在尿道上，向上移动，容易导致病原体扩散到肾脏本质。如果治疗不完全或伴有尿路畸形，细菌很容易产生耐药性，可导致反复感染。
3.感染方式 新生儿主要是血液感染。此外，女婴和男婴泌尿系统的生理解剖特征可导致向上感染。
4.泌尿系统感染 当细菌进入肾脏本质时，会引起感染及其一系列炎症反应。如果不及时治疗，感染会导致严重的肾损伤和疤痕形成。更严重的是，重复感染没有得到合理的诊断和治疗，最终导致严重的肾疤痕形成和反流肾病，进入终末期肾病。
