如果咽食管憩室发病后不注意、漏诊或误诊，患者可能会出现以下潜在并发症:
1.慢性营养不良 长期吞咽不良和食道反流会导致慢性营养不良.
2.呼吸道误吸 在老年或糖尿病患者中，咽食管憩室最早的临床症状可能是肺部感染性并发症，如肺脓肿、肺不张等。这是由反流食物误吸引起的，最常见于右肺下叶。少数病例可引起呼吸功能不全，个别病例有哮喘。
3.喉返神经受压 体积大的咽食管憩室压迫患侧喉返神经，病人出现声音嘶哑等症状。
4.食管梗阻 有时咽食管憩室患者因吞咽异物或暴饮暴食而突然出现高颈食管梗阻，以前无症状或不适。
5.憩室穿孔 偶尔，患者因误食尖锐异物(如鸡骨头)而穿孔憩室。在这种情况下，咽食管憩室很容易漏诊。此外，任何食道插管(esophageal intubation)或者内镜检查也可能导致睡室穿孔。因此，对于咽食管憩室患者，应高度警惕医源性睡室穿孔的可能性。
6.憩室炎 憩室囊中的食物堵塞了憩室颈部，不能排除，会导致憩室粘膜糜烂和憩室炎。
7.癌变 1969年，Wychulis等待3例咽食管憩室癌变。
