到目前为止，病因认为是一种反应性疾病。由于病变组织中大量嗜酸性粒细胞被广泛浸润，约80％患者周围血液中嗜酸性粒细胞增多，约50％患者有个人或家庭变态反应史，因此该病可能是由内外源性过敏原引起的全身或局部变态反应引起的。IgG、IgA增加也表明参与了免疫反应。
特殊过敏原接触胃肠道敏感组织后，胃肠壁内发生抗原和抗体反应，释放组胺血管活性物质，导致胃肠粘膜充血、水肿、嗜酸粒细胞浸润、胃肠道平滑肌痉挛和粘液分泌增加，导致一系列胃肠道症状。
Ureless分类法
Ⅰ 广泛性嗜酸性细胞浸润性胃炎(以下简称嗜酸性胃肠炎)。包括多肠性胃肠炎。（Polyenteric）、单肠法（ Monoenteric）、局限性（ Regional）。
Ⅱ 局限性嗜酸性细胞浸润性肉芽肿(以下简称嗜酸性肉芽肿)。包括局限性。（Regional）、类息肉性( Polypoid）。
这种疾病可以广泛涉及胃肠道，可以从咽到直肠，其中胃和小肠受累最常见，肝脏、大网膜等地方也可以受到侵犯 。镜下可以看到大量嗜酸性粒细胞浸润，可以积累成堆，可以累及粘膜和粘膜下层，也可以累及一层，最常见的是粘膜和粘膜下层，其次是肌肉层，浆膜层最罕见。
Ⅰ类型（嗜酸性胃肠炎） 是胃肠炎的特征类型。纤维胃镜检查，弥漫性粘膜充血、水肿、增厚，偶尔出现浅溃疡侵蚀，胃病变类似于一般浅表性胃炎，活检证实有大量嗜酸细胞渗透。肠道病变多为弥漫性，受肠壁水肿、增厚、浆膜表面失去光泽、纤维素渗出物覆盖。单肠表主要是胃或小肠的某种器官病变。有限的病变有限，发生在胃中，病变通常发生在胃幽门或胃窦中。多肠、胃、十二指肠、小肠等病变，往往是广泛、非连续性病变。
Kleim病变根据嗜酸性细胞的浸润程度分为三种：
1.粘膜病变突出 主要是粘膜浸润。有粘膜水肿和溃疡。并导致失血、缺铁、吸收不良和低蛋白。
2.突出的肌层病变 主要是肌层浸润。胃肠壁呈结节状增厚，突出胃肠道，导致幽门或肠道狭窄和梗阻。Ⅱ鉴别类型(嗜酸性肉芽肿)。
3.浆膜病变突出 以浆膜浸润为主。浆膜增厚，水肿，肠系膜淋巴结常受累。有嗜酸性腹水(或嗜酸性粒细胞)。
Ⅱ类型（嗜酸性肉芽肿）这种类型很少见。它可以在粘膜下形成单发或多发性肿瘤，并经常出现幽门梗阻。胃（胃窦）是最常见的。并向周围扩展生长，侵入回肠、结肠。表面光滑，粘膜覆盖牢固或橡胶息肉状肿块，无蒂或蒂凸入腔内。见表1。
表1 Greenberger 一组32例嗜酸性肉芽肿侵入部位
部位
例数
百分率（％）
咽
1
3
胃
17
53
小肠
5
16
结肠、直肠
9
28
从表1可以看出，嗜酸性肉芽受胃的影响（53％）最常见的是结肠和直肠（28％），小肠较少（16％）。
