鉴别以下疾病：
1.高热惊厥 本病多见于婴幼儿，过去常有高热惊厥史，惊厥发生在体温上升时且多不反复发作，惊厥后面色好，神志正常，并常可找到引起高热的疾病。
2.大叶肺炎 这种疾病和痢疾是急性疾病，外周血白细胞总数和中性粒细胞增加。早期可引起休克、脑水肿，但X肺部可能有大叶或节段性炎性病变。
3.流行性脑脊髓膜炎 流脑和毒痢均为急性高热，均有内毒素引起的微循环障碍，并伴有惊厥。但有助于识别以下特征:
(1)冬末春初常见流脑，夏末秋初常见毒痢。
(2)流脑病人70％可见皮肤、粘膜出血点及瘀斑。
(3)流脑常出现头痛、颈部强直等中枢神经系统感染症状。
(4)可询问流脑疫苗接种史，如果已接种疫苗，很少患流脑。
4.流行性B型脑炎 毒痢疾与B型脑的发病年龄和发病季节大致相同。首发症状为急性高烧，伴有抑郁、嗜睡、抽搐等神经系统症状。因此，有必要做好鉴别。
(1)发病时间不同:第二种疾病的发病时间不同，发病当天大部分有毒痢疾，而乙脑大部分发病第一3～4惊厥发生在天后。
(2)神经系统体征:乙脑颈部强直Kernig征(+)、Babinski征(+)等待神经系统体征。
(3)疫情:乙脑社会有疫情。
(4)疫苗接种史:询问疫苗接种史，一般不允许乙脑接种疫苗。
(5)脑脊液检查:如有疑问，可进行脑脊液检查，乙脑蛋白和白细胞增多，糖和氯化物一般正常。脑脊液有毒痢疾是正常的。
