有时需要根据儿童的临床特行识别和诊断，主要基于儿童的临床特征和相关，粘多糖增多症还需要与以下疾病进行鉴别：
1.多发性硫酸脂酶缺陷 该病的临床表现与粘多糖增多相似，但智力低下和神经系统症状比粘多糖增多更快，通常类似于异染性白质萎缩。患者常有肝肿大和固定皮肤鱼鳞癣。实验室检查无粘多糖尿病和细胞酶缺乏。
2.全身性神经节脂苷沉积(GML神经节脂苷病) 具有脂肪和粘多糖储存疾病的临床特征。婴儿期全身神经节脂苷沉积严重，智力发育迟缓，肌肉张力低，肝脾肿大。超过一半的患者有皮肤黄斑和樱桃红斑。
3.甘露糖苷增多 精神、运动发育迟缓、听觉丧失、面容丑陋、肝脾肿大、肌肉张力低下、轻度多发性骨发育不良等。尿液中含有大量的甘露糖低聚糖，无粘多糖尿病。
4.岩藻糖病 患者面容丑陋，肝脾肿大，精神严重，运动发育迟缓，多发性骨发育不良。含低聚糖的岩藻糖排泄在尿液中，无粘多糖尿。
5.天门冬酰氨葡萄糖尿病Hurler综合征及Hunter综合征混淆。儿童出生正常，逐渐出现宽鼻、塌鼻梁、鼻孔前屈、厚嘴唇等丑脸，颈部短、头部不对称、脊柱侧凸、肝脾肿大，尿液中含有大量天门冬酰氨葡萄糖。
6.粘脂病 粘脂病Ⅰ临床表现和类型X线改变与Hurler综合征有很多共同点。然而，大多数粘脂疾病包括肌阵挛性抽搐、肌肉萎缩、舞蹈病手足运动、眼球震颤、皮肤黄斑和樱桃红斑。尿液中唾液酸结合的低聚糖排泄量增加，粘多糖水平正常。
黏脂病Ⅱ类型的精神和运动发育迟缓发生得更早，发展得更快。早期牙龈增生，胸部狭窄，心瓣膜疾病更常见，无角膜浊度，半岁左右可见长骨骨膜形成，儿童常早年死亡。尿液中无粘多糖的增加。
黏脂病Ⅳ智力发育迟缓，角膜混浊，但无粘多糖尿。
7.Kneist 临床表现及综合征Morquio类似的综合征包括大头、鼻梁塌陷、腭裂、短颈、钟胸、视网膜剥离、听力损伤、腹外疝、肢体和躯干短、弓形胫骨、脊柱后凸、关节强直等。儿童也可以有硫酸角质素尿，但没有N-乙酰半乳糖苷-6-硫酸酯酶或β-缺乏半乳糖苷酶。
