钩体病的潜伏期为1～2周，最长4周。早期可出现发热、肌痛(尤其是腓肠肌痛和压痛)、全身疲劳、眼结膜充血和淋巴结肿大，具有特征性“三症状”、“三体征”的感染中毒表现。患者常于病程3～器官损伤症状发生10天，可分为流感伤寒型、肺出血型、黄疸出血型、肾衰竭型和脑膜脑炎型。肺出血型可分为普通肺出血型 和肺弥漫性出血型，病情危险，死亡率高。
钩体病相关肾病可伴有流感、感冒、黄疸、出血性钩体病。如果单独发生，则为肾衰竭。临床表现主要为少尿、蛋白尿、少量白细胞、红细胞、管型等。少数严重患者病情进行性加重，包括无尿、酸中毒、肾衰竭和尿毒症。与钩体病相关的肾病一般预后较好，大多数患者通过少尿期和多尿期恢复。
近年来，有人将钩体病的表现分为两相病程，
1.“钩体血症”相 高烧、结膜充血、肌痛和头痛，然后是肝炎、肾炎和出血。
2.“免疫” 早期发热等症状逐渐消失，出现中枢和外周神经系统的症状。
在“三症状”、“三体征”病人出现第三天后，可出现严重的黄疸、肾衰竭，此时应怀疑该病。诊断主要依靠特异性诊断试验。
例如，在流行地区，流行季节有疫水接触史和其他流行病学数据。患者的临床表现早期出现“三症状”“三体征”（发热、肌肉疼痛、全身疲劳、眼结膜充血、腓肠肌压痛、淋巴结肿胀和疼痛）更突出的症状。中期多器官损伤，主要是黄疸、出血和ARF等等。实验室检查白细胞增多、尿异常和肾功能损伤。阳性特异性诊断试验可诊断为本病。
