本病应与以下疾病进行鉴别：
1.先天性肌强直 本病肌肥大明显，肌强直程度较重，用力后不能立即放松，但反复用力后这种现象可以逐渐消失。反复活动后，副肌强直反而加重或伴肌无力。先天性肌强直很少与周期性瘫痪症状并存。肌电图检查时，更容易引起肌强直电位。采用寒冷诱发试验时，内收或拇短肌记录肌电活动。如果是先天性肌强直症，稍微移动一下电极就可以引起肌强直电位的分布，比室温长。连续收缩4~5次后，结果相同。然而，副肌强直在用力移动电极或敲击时不能引起肌强直电位的分布。连续收缩后，运动单位的电位范围明显降低，持续收缩的电活动迅速消失，呈电静息，肌强直。
2.萎缩性肌强直症 本病发病年龄较晚，可识别肌萎缩、内分泌和营养障碍。
3.周期性瘫痪 必须与先天性副肌强直并发性软瘫不同。钾负荷试验可用于服用钾后诱发无力的高钾周期性瘫痪。如果与服用钾无关，则为副肌强直症。如果服用钾后肌肉无力，血钾正常，则为正常周期性钾瘫痪。如果使用葡萄糖胰岛素试验可诱发肌肉无力，则为低钾周期性瘫痪。寒冷引起肌肉强直和肌肉无力的是副肌肉强直。
