本病仍需鉴别以下疾病：
1.肾结核 本病可出现发热、尿路刺激、脓尿等症状，类似于肾盂肾炎。然而，膀胱刺激的症状在肾结核时非常明显和持久。尿沉渣涂层可发现抗酸杆菌，尿细菌培养结核菌阳性，必要时进行静脉肾盂造影。如果发现肾实质性虫蚀样损伤性缺损，有助于肾结核的诊断。
2.慢性肾小球肾炎 如有水肿、大量蛋白尿则鉴别不难。肾盂肾炎的尿蛋白量一般在1～2g/d以下，如果大于3g大多数是肾小球病变。然而，这种疾病很难与隐藏的肾小球肾炎区分开来。后者传统上有更多的红细胞，而肾盂肾炎主要是白细胞。此外，尿液培养，长期观察患者是否有低热、尿频等症状也有助于识别。晚期肾炎继发性泌尿系统感染，难以识别，此时可详细询问病史，结合临床特点进行分析。
3.下尿路感染 上下尿路感染的治疗不同于预后，因此定位诊断非常重要。当肾盂肾炎的全身症状不明显时，如高烧、腰痛等肾脏表现不明显时，临床上很容易误为下尿路感染。尿沉渣抗体包裹细菌阳性有助于肾盂肾炎的诊断。必要时，如果膀胱冲洗灭菌100，可进行膀胱冲洗灭菌法尿培养min膀胱尿菌数较少，提示膀胱炎，如灭菌前后菌数相似，则为肾盂肾炎。
临床上有一种叫尿道综合征，常见于中年妇女，主要表现为尿频、排尿不良，常被误认为不典型慢性肾盂肾炎，长期盲目使用抗生素治疗甚至造成不良后果，必须鉴别，尿白细胞也可增加，但尿细菌培养阴性可识别。
