1.沙门菌肺炎 弗劳地柠檬酸菌血症的表现可类似于伤寒的临床表现，沙门菌也可引起肺炎。两者都有肥达氏反应阳性。因此，在临床实践中应注意两者之间的差异。沙门菌引起的肺炎表现非常不典型。类似于柠檬酸菌肺炎，如畏寒、发热、咳嗽、咳痰、双肺闻湿声、胸片表示肺叶、段性肺炎或伴有肺脓肿。临床上通常很难识别。但痰、胸水、血或尿液可培养沙门菌，肥达反应“O”4倍以上可与柠檬酸杆菌肺炎鉴别。
2.其他革兰阴性杆菌肺炎 柠檬酸杆菌肺炎与克雷白杆菌肺炎、铜绿假单胞菌肺炎、变形杆菌肺炎、沙雷菌肺炎、摩根摩根菌肺炎相似。特别是在医院获得性感染时，红砖样痰、铜绿假单胞菌肺炎缺乏黄绿痰等典型表现。因此，鉴别主要基于血液、痰、胸水和下呼吸道分泌物的细菌学检查。有时它们之间经常有混合感染，尤其是继发性柠檬酸杆菌肺炎。
