1.化脓性脑膜炎 多发病急剧，急性感染全身症状和脑膜刺激症状严重，神经系统局灶体征不明显，脑脊液可呈脓性，白细胞增多明显，可发现脓细胞。主要鉴别于脑脓肿和脑炎，有些患者早期几乎无法区分，颅脑CT扫描有助于识别。
2.硬脑膜下和硬脑膜外脓肿 可与脑脓肿结合，病程与脑脓肿相似。X颅骨骨髓炎可通过线平片发现。CT扫描或MRI扫描可以明确诊断。
3.耳源性脑积水 脑积水是由慢性中耳炎和乳突炎引起的水窦栓塞引起的。临床表现为头痛、呕吐等颅内压升高，但一般病程长，全身症状轻微，神经系统无明显局灶性体征。CT扫描或MRI扫描只显示脑室有点扩大。
4.颅内静脉窦栓塞 常见于慢性中耳炎、乳突炎等引起的静脉窦炎栓塞，可出现全身感染症状和颅内压升高，但无神经系统局灶体征。腰椎穿刺测压时，单侧颈部压力试验无反应，有助于诊断，但颅内压高时应谨慎进行。可以通过CT扫描和MRI识别扫描。
5.化脓性迷路炎 临床表现为小脑脓肿，如眩晕、呕吐、眼震、共济失调和头部强迫。但与小脑脓肿不同的是，头痛是轻微的还是没有的。颅内压升高和脑膜刺激并不明显。CT扫描和MRI扫描均为阴性。
6.结核性脑膜炎 非典型结核性脑膜炎无明显结核病史、结核病灶和结核体质，需要鉴别病程长、临床症状轻微的脑脓肿。脑脊液检查类似于脑脓肿，但淋巴细胞和蛋白质明显增加，糖和氯化物明显减少，抗结核治疗有效。CT和MRI扫描有助于识别。
7.由于临床上全身感染症状和脑膜刺激症状不明显，脑肿瘤 某些隐源性脑脓肿或慢性脑脓肿与脑肿瘤不易识别甚至CT扫描显示的“环征”脑转移瘤、神经胶质母细胞瘤、慢性扩张性脑内血肿等也不是脑脓肿所独有的。也可见于脑转移瘤、神经胶质母细胞瘤、慢性扩张性脑内血肿等。，甚至可以在手术前确认。因此，应仔细分析病史，结合各种实验室检查，然后使用各种造影术CT及MRI进一步识别扫描。
