本病早期的早期阶段需要与胆道闭锁和各种类型的肝炎要与右肾盂积水、胰腺囊肿、肝包虫囊肿、大网膜和肠系膜囊肿相鉴别。B超生化检查一般可资鉴定，必要时可进行CT、ERCP协助鉴别诊断。
1. 胆总管囊肿以右上腹或上腹肿块为突出表现，无黄疸，应与肝囊肿、腹膜后囊肿、肾积水、肾胚胎瘤、大网膜囊肿、肠系膜囊肿相鉴别。
(1)肝包虫病:与胆管扩张症的区别在于畜牧区与狗、羊等动物接触。囊肿会逐渐增大。B超及CT检查均为肝内占位性病变，肝外胆总管正常。大多数嗜酸性细胞记数增加。Casoni试验(包虫皮内试验)阳性率高达80％～95％。80％补体结合试验阳性。
(2)肝囊肿：肝较大，硬且有结节感，无触痛。肝功能检查一般均正常，多囊肝患者有时可同时伴有肾，胰腺或脾的多囊性病变。B超及CT多次检查显示囊肿位于肝内，肝外胆道正常。
(3)腹膜后囊肿:如囊性畸胎瘤、淋巴管瘤等。从症状和体征来看，很难识别无黄疸的胆总管囊扩张，B超、CT可以基本区分，行ERCP胆管扩张除外。
(4)右侧肾积水:体检不易区别于胆管扩张，但肾积水多偏侧，腰三角区常饱满，尤其是借助B超、静脉肾盂造影(IVP)或胰胆管逆行造影(ERCP)两者很容易识别。
(5)肾母细胞瘤:主要区别如下:
①肿瘤生长快，可有高血压或血尿，儿童一般情况较差。
②肿瘤为实体性，中等度硬。
③腹部X线平片可以看到肿块将肠道推向内侧，有时肿瘤体内有散落的点片钙化点。静脉肾盂造影显示肾盂肾盏变形或挤压损伤，或肾盂只显示少量造影剂。
（6）胰腺囊肿：儿童假性胰腺囊肿与创伤密切相关。囊肿主要位于左上腹部或脐带，常伴有腹痛。尿糖和血糖升高，血清淀粉酶升高或正常。B超、CT或ERCP多无难区分的检查。
2. 胆总管囊肿以黄疸为突出表现者，应与胆道闭锁、胆管癌、右上腹部腹膜后肿瘤压迫胆总管相鉴别。
(1)胆道闭锁:主要区别如下:
①出生1～2周后，儿童出现胆汁瘀伤性黄疸，并迅速加深，无间隙。尿液呈深棕色，粪便呈淡黄色，然后发展为粘土粪便。
②腹水或门静脉高压显，腹水或门静脉高压可发生在病程后期。
③超声检查无胆总管，无胆囊或只有萎缩胆囊，而胆管扩张则表现为肝外胆管扩张。
(2)胆总管口壶腹周围癌：主要鉴别点为：
①患者多为中年以上，病程短。
②黄疸是进行性加深而不是间歇性的。
③全身病情恶化迅速，可出现消瘦、贫血等症状。
④肿块大者可触及，但坚硬呈结节感。
⑤CT、B超或MRI胆以发现胆总管远端壶腹部的实性肿瘤，而先天性胆管扩张症则不存在。值得注意的是，先天性胆管扩张症患胆管癌的癌变率较高。胆管扩张症发生后，大约有一半的腹痛和发烧是间歇性发作的主要投诉，这略高于不合并癌变的先天性胆管扩张。30％黄疸发生并接触腹部肿块。当背部疼痛和发生时，就意味着进展。由于癌症后没有特异性表现，很容易与原发病混淆。B超、CT、ERCP一旦发现扩张胆管内有肿块阴影，应高度怀疑。分析300多例癌症病例，病变仅限于肌层，早期不到10例，诊断极其困难。
3.以腹痛为突出症状的 胆总管囊肿以急性右上腹痛或上腹痛为突出症状的，应与胆道蛔虫、急性胆囊炎、急性胰腺炎、肠套叠相鉴别。
(1)胆道蛔虫：
①右上腹或上腹突然出现顶样疼痛，发作后可缓解或恢复正常。症状严重，体征轻微。
②多无黄疸，有时较轻。
③右上腹或上腹部无肿块。
④超声检查显示胆总管内有虫体样回声影，胆总管可有轻微扩张，胆管扩张无虫体样回声，胆总管囊状或梭状扩张。ERCP胆管扩张和胰胆合流异常，胆道蛔虫无。
(2)急性胆囊炎:多发于成人，发热、右上腹痛、触痛、肌肉紧张，Murphy征阳性。有时胆囊会随着呼吸而移动，并且比较浅，不像胆总管扩张的位置深，范围大。黄疸也很轻。B超检可以很容易地识别两者。急性胆囊炎无囊状或梭状扩张的胆总管。
(3)肠套叠:本病主要症状为常规阵发性腹痛。腹部肿块呈椭圆形或长圆形，易移动，略有韧性。大部分位于右上角，可以有果酱样大便。钡灌肠或空气灌肠可见典型的杯口状影。
（4）急性胰腺炎：这种疾病在成人中很常见，腹痛很严重。它通常位于上腹部中部和左肩，可涉及左腰背部和左肩。严重者可出现休克、恶心、呕吐、发烧和腹膜刺激。生化检查显示血尿淀粉酶明显增加。B超、CT检查显示胰腺肿大，胆总管正常。特别值得注意的是，先天性胆管扩张病程约为20％～40％高胰淀粉酶血症和尿液中也可以发现淀粉酶升高。有些病例是真性胰腺炎，其中大部分是毛细胆管中的淀粉酶反流入血液，导致所谓的胰腺炎“假性胰腺炎”的表现。该种病例胰腺病变多较轻。
