喉淀粉样变应与喉部良性、恶性肿瘤和喉返神经麻痹进行鉴别。两者都有声音嘶哑的症状，但鉴别这种疾病并不困难。活检病理组织学证实了喉部肿瘤。喉返神经麻痹无局部粘膜肥厚或息肉样变化。间接喉镜和纤维喉镜可见一侧声带麻痹，无法闭合。胸片可显示纵隔淋巴结肿大，导致喉返神经受压，多由肺癌淋巴结转移引起。
气管支气管淀粉样变应与支气管结核和肿瘤进行鉴别。支气管结核常伴有肺结核，多有刺激性咳嗽、发热、盗汗等结核中毒症状。支气管镜下可见粘膜充血、酪状坏死或溃疡，与本病粘膜完全苍白完全不同。抗酸杆菌可在刷检或灌洗液中找到。支气管癌进展迅速，早期出现阻塞症状。支气管镜下粘膜肿块明显，可伴有皮肤损伤、出血、糜烂或蔬菜花样，可覆盖白苔样坏死物。上述表现可与本病进行鉴别。最终诊断取决于病理组织学检查结果。
肺结节淀粉样变应与肺良、恶性肿瘤或转移性癌相鉴别。肺弥漫性粟粒或肺泡隔膜淀粉样变应与肺间质纤维化、结节病、过敏性肺泡炎等弥漫性间质病、含铁血黄素沉积、肺泡微结石等沉积性疾病相鉴别。因此，需要采取各种必要的活检手段，积极获取标本，经病理检查明确诊断。
