疾病的早期阶段应与流感、败血症、钩端螺旋体病等相识别。呼吸窘迫发生时，应与心源性肺水肿、原发性急性呼吸窘迫综合征、细菌和病毒性肺炎、SARS钩端螺旋体出血性肺炎等。
Moolenaart等对24例HPS与33例流感患者相比，发现咽痛和咳嗽是流感患者最常见的症状，明显高于HPS，而HPS白细胞计数增加，核左移可鉴别于流感。败血症和钩端螺旋体病可导致发热、头痛、肌痛和白细胞计数增加，但常规检查HPS血液浓缩通常发生，血细胞比容量增加和血小板减少可以区分。
本病与心源性肺水肿的区别在于前者是血管渗透性增加引起的肺水肿，因此肺动脉楔状压较低，早期X胸片检查主要是肺间质渗出。后者是由肺静脉充血引起的，因此肺动脉楔肺动脉楔状压升高，肺上部肺野生血管纹理增加，肺门阴影扩大。本病实验室检查显示血液浓缩、血小板减少、白细胞增加、核向左移动、晚幼粒细胞和异形淋巴细胞，尤其是心源性肺水肿和原发性呼吸窘迫综合征。
细菌性或病毒性肺炎的鉴别在于后者是小叶渗出，因此X线检是肺叶段病变，是肺弥漫性病变。
