新生儿肝炎可导致儿童智力迟钝、脑瘫、肝硬化和慢性肝炎。具体并发症状如下。
1.新生儿肝炎引起的风疹或巨细胞病毒可能发展为脑感染，可能导致智力迟钝或脑瘫。
2.部分婴儿会因肝病引起永久性肝细胞损伤，导致疤痕(肝硬化)。
3.大多数婴儿巨细胞病毒性肝炎会愈合，很少或根本没有疤痕。对于肝脏来说，随着胆汁流动的改善，它的生长会逐渐正常。然而，大约20％由于肝炎的影响，婴儿将继续发展为慢性（进行性）肝病和肝硬化。这些儿童的肝脏会因疤痕而变硬，6个月以下的黄疸不会消退，最终需要肝移植。
4.儿童慢性肝炎:新生儿因缺乏胆汁而无法消化脂肪，吸收脂溶性维生素（A、D、E、K），并且伴有肝细胞损伤。缺乏维生素D会导致骨质疏松症和软骨发育不良(佝偻病)。缺乏维生素A会影响正常的生长和视力。K缺乏维生素会导致易青紫和出血E会导致婴儿协调性差。由于胆汁负责消除体内的许多毒素，新生儿慢性肝炎也可能导致血液中毒素的积累，导致瘙痒、皮疹和过敏。
5.肝昏迷、高胆红素血症、低钙抽搐、出血、腹泻、干眼病等。
