由于消化道重复畸形的部位、形状、体积、并发症等因素不同，其临床症状不同，症状可出现在任何年龄，其中大部分发生在婴儿期。
1.胸部消化道反复畸形会压迫呼吸道引起呼吸窘迫，压迫食管引起梗阻症状。当腔内有胃粘膜时，相邻食管和肺组织因胃酸和消化酶的腐蚀而发炎，甚至穿孔出血、呕血、便血或脓胸。
2、胃重复畸形，上腹部有饱腹感，呕吐不含胆汁，右上腹肋缘可触及囊肿。
3、回肠反复畸形，大球形囊肿压迫肠道引起肠梗阻，腹部可触及圆形或椭圆形，囊肿光滑，有一定的活动，囊积液增加导致囊壁疼痛和压痛，小球形囊肿常导致肠套叠，一些反复畸形会导致附着肠扭转肠坏死，管畸形和肠道，因为腔积液可通过肠道排出，所以不容易触摸肿块，当胃粘膜衬里时，常产生溃疡、呕吐血或便血，溃疡穿孔腹膜炎症状。
4、结肠结肠畸形的临床症状较轻。压迫肠道可引起低位肠梗阻症状，伴有出血时鲜红色血便，常伴有重复输尿管、膀胱、阴道、尿道、直肠肛门畸形。
5.直肠重复畸形早期排便困难。排便过程中有肿块从直肠出的，是直肠球状重复畸形的特征。直肠指检时，直肠后有囊性肿块。
