室间隔缺损的常见并发症是亚急性感染性心内膜炎。个别病例可伴有先天性房间传导阻滞、脑脓肿、脑栓塞等。后期并发性心力衰竭。如果选择合适的手术时间，预后会很好。手术并发症包括
1、室间隔残余泄漏主要发生在室间隔缺损修复过程中，术中泄漏不良，组织撕裂等。关键是术中预防。在室间隔缺损修复的早期，如果患者有循环不稳定，听诊有明显的噪音，除残余分流外，应及时进行床边超声心动检查。一旦超声确认参与分流，应尽快进行二次手术修复。
2、Ⅲ由于心脏传导系统（希氏束）进入三尖瓣和前瓣交界处的房间间隔，膜周室间隔缺损修复后容易出现房间传导阻塞。对于术后非窦性节律和心率减慢的患者，应安装心表起搏线，临时起搏调节心率，并使用药物提高心率，加快房间传导。术后一个月仍无改善的，应进行电生理检查，必要时安装永久起搏器。
3.主动脉瓣关闭不完全是由于先天性主动脉瓣脱垂或术中缝合牵拉主动脉瓣环，甚至直接创伤或缝合挂主动脉瓣叶，导致术后主动脉瓣关闭不完全，导致术后心脏复苏困难，或术后心脏增大，脉压宽，胸骨左缘有舒张期杂音，心功能不全。因此，在手术过程中，应探索主动脉瓣，确认其解剖关系，避免创伤。一旦发生，应尽快进行手术修复。心肺功能不全、室间隔缺损、肺动脉高压患者，由于手术创伤、术中心肌保护不良或残留泄漏、传导阻滞、主动脉瓣关闭不完全等原因，术后心肺功能不全，表现为低心排泄、右心衰、肺充血等症状，严重影响患者恢复。
