本病的治疗主要是对症治疗和病原体治疗。
一、对症治疗
胃肠炎患者应注重保持水和电解质的平衡，辅以必要的对症治疗。轻度和中度失水可口服葡萄糖-电解质溶液，严重失水需要静脉补液，情况改善后再使用口服补液。老年、年轻或虚弱者应积极治疗。严重中毒症状和循环衰竭者应注意保持有效的血容量，必要时可使用肾上腺皮质激素。禁食后腹痛和腹泻往往会显著改善。严重患者可尝试黄连素、氯丙嗪、体验安全、葡萄糖酸钙、抗炎疼痛等抗分泌药物。解痉剂应短期使用。
二、治疗病原体
1.无并发症胃肠炎患者无需使用抗菌药物。因为抗菌药物的应用不能缩短患者的病程，反而会促进肠道产生耐药菌株，延长排菌时间，造成治疗困难。
2、对严重胃肠炎或老年人、婴儿（特别是4个月以下的婴儿）、营养不良、慢性疾病或免疫缺陷的患者，应使用相应的抗生素。抗生素应用于胃肠道外感染、败血症、伤寒和局部化脓性感染。
过去，氯霉素、复方新诺明、氨萘青霉素或羟氨酞青霉素通常用于沙门氏菌感染，大部分在服药后4~6天内退化。但有些患者可能会复发，但再次给药仍然有效。近年来，病原菌的耐药性越来越大，因此最好根据药物敏感性结果选择合适的抗生素。目前，第三代氟喹诺酮类抗菌药物和第三代头孢菌素，如环丙氟哌酸、氟嗪酸、洛美沙星、益宝世界等，往往疗效较好。
恢复期带菌者无需抗菌治疗。
