潜伏期12～36h，最短为2～6h，长者可达8～10天内，中毒剂量越大，潜伏期越短，病情越严重。
疾病突然发生，可能是头痛、头晕、头晕、疲劳、恶心、呕吐（E型菌恶心呕吐重，A型菌及B细菌较轻)；后来眼内外肌瘫痪，出现视力模糊、复视、眼睑下垂、瞳孔扩张、光反射消失、口咽潮红等眼部症状，伴有咽痛。如果咽肌瘫痪，会导致呼吸困难。肌力低下主要见于颈部和肢体的近端。由于颈部肌肉无力，头部向前或向一侧倾斜，肌腱反射可以对称减弱。
植物神经末梢先兴奋后抑制，因此泪腺、汗腺、流口水腺分泌增加后减少，血压正常后升高，脉搏慢后快，常顽固分泌、腹胀、尿潴留，病程清晰，感觉正常，不发烧，轻5～9天内逐渐恢复，但全身疲劳和眼肌瘫痪持续时间较长。
