治疗原则与肾结核病相同，前列腺和精囊结核病一般采用全身和药物治疗。生殖结核病药物治疗效果较好，治疗时间可酌情缩短，早期附睾结核病药物治疗可治愈，不需要手术切除。如果局部奶酪样坏死严重，侵入睾丸，病变较大，脓肿形成或药物治疗效果不明显，则可以进行附睾切除。如果睾丸有病变，病变靠近附睾，睾丸部分可以与附睾一起切除。手术时尽量保留睾丸。为了简单的手术，睾丸仍然正常，睾丸附睾一起切除是错误的。附睾切除术后，精囊和前列腺结核病可以逐渐愈合。如果术前精液检查无精子，则表明对侧输精管远端有病变并可能扩散到附睾，因此应结扎，防止对侧输精管光滑，可依靠药物治疗。
