男性生殖系结核病的治疗必须包括全身治疗和男性生殖系治疗。全身治疗与一般结核病相同。男性生殖治疗包括药物治疗和手术治疗：
一、药物治疗
抗结核药治疗男性生殖系结核有很好的效果。前列腺和精囊结核可以用药物保守治疗。药物治疗方法与肾结核相同，主要用于异烟肼、链霉素和利福平等。治疗过程的一般经验为6~12个月。
二、手术治疗
男性生殖系结核的手术治疗主要解决生殖系附睾结核的问题。解决附睾结核有助于生殖系其他部位结核（精囊、前列腺）的愈合。术后附睾病变与肾结核相同，术前后也需要抗结核药物。
附睾切除适应证：
一侧附睾结核。
2.形成一侧附睾冷脓。
三、形成双侧附睾冷脓。
一侧附睾阴囊慢性窦道形成。
5性窦道形成双侧附睾阴囊。
附睾切除术时，输精管的切口应尽可能高，并移植到皮肤下，以避免收缩，防止阴囊内残留输精管结核病变形成结核性脓疱。切除附睾时，应尽可能保留睾丸。如果睾丸有病变，则应将病变部位的睾丸切除在一起，以保留睾丸部位的功能；如果病变涉及大部分睾丸，睾丸不能保留，睾丸可以一起切除。
对侧输精管在附睾切除过程中的治疗意见不一致。术前精液常规检查无精子的，应结扎对侧输精管。
