一、治疗
消除病因
原则上可以纠正小肠憩室或术后盲环、肠瘘、狭窄等结构异常，但对部分患者（如多发性憩室、硬皮病）不切实际。因此，我们应该严格掌握手术指征，尽量避免上述情况，合理建立循环环环的大小和数量。理论上，使用促进动力药物可以去除过度生长的细菌，但对盲环、多发性憩室等解剖异常有效，加重原发病吸收不良（如短肠综合征）。
2、抗菌药物治疗
理论上，抗菌药物的选择应根据小肠腔内细菌的敏感性来确定，但在这种情况下，选择抗菌药物通常非常困难，因为有许多不同的细菌类型和非常不同的敏感性。一般来说，应遵循以下原则：尽量选择敏感性高、不良反应小、厌氧菌、需氧菌有效的抗菌药物；厌氧菌无效的抗菌药物，如青霉素、氨萘西林、口服氨基糖苷、卡那霉素、新霉素等。用药前应尽可能明确诊断，避免经验治疗。
(1)四环素:开始剂量250mg，4次/d，口服。如果有效，腹泻会改善，脂肪和维生素B12吸收在一周内有所改善。但目前已有60％四环素治疗无效。
(2)阿莫西林/克拉维酸钾(安美汀)250mg及克拉维酸125mg，能有效地抑制需氧菌和厌氧菌群，纠正吸收不良，每次1～2片，4次/d。
(3)头孢拉啶250mg，4次/d。
(4)氯霉素50mg/(kg·d)体重，口服4次，在上述药物无效时往往表现出良好的疗效。
(5)甲硝唑200mg，3次/d。替硝唑0.1g，3次/d。
大多数患者在一个疗程（7~10天）后有明显的效果。对于症状迅速复发的患者，周期性治疗，即每月治疗1周，持续1~2个月，也取得令人满意的效果，但应注意药物的不良反应。
支持治疗
即使细菌过度生长得到满意的控制，也有必要进行营养支持治疗。脂肪腹泻患者可以减少食物中的脂肪，或者用中链三酰甘油代替部分脂肪。B12、维生素K钙也应适当补充。
二、预后
由于近年来检查方法的改进，当疾病未达到严重营养不良和粘膜损伤时，及时诊断和治疗，纠正解剖异常，大多数患者预后良好。延误治疗的后果很严重。营养不良或硬皮病、假小肠梗阻患者往往需要长期的营养支持，预后较差。
