1.临床表现因病因不同而有很大差异，一般包括吸收不良和原发性疾病的症状。轻度患者只有轻度腹泻、轻度贫血和体重减轻。严重者常有水泻、脂肪泻、腹胀、贫血、消瘦、软骨病、夜盲甚至低钙抽搐、维生素K缺乏会导致皮肤粘膜出血。
2.贫血多由维生素引起B12缺乏，属于大细胞贫血，有时由肠道滞留引起溃疡，可由小细胞贫血或混合性贫血引起。
低蛋白血症常见，可出现营养不良性水肿。
4、原发性疾病，如手术形成的盲环或小肠狭窄，有腹部不适、腹胀、腹泻和腹泻前脐痉挛性疼痛和贫血，在盲环形成和细菌过度生长之间，一般间隔较长，从几个月到几年不等，有时原发性疾病甚至掩盖了细菌过度生长的症状，如小肠克罗恩病引起的肠狭窄或瘘管、硬皮病或假性肠梗阻引起的肠运动减弱，一些原发性疾病引起的吸收不良和细菌过度生长引起的吸收不良难以识别，如克罗恩病、放射性肠炎、短肠综合征、淋巴瘤等，空肠休息室在老年人中更为常见，休息室到细菌过度生长有多年的间隔，开始无症状，脂肪腹泻和贫血。
