一、病因
正常情况下，胃和上小肠只含有少量细菌，因为胃酸和小肠的促进运动可以抑制和清除细菌。任何导致胃酸过低或肠道运动减慢或中断的因素都会导致小肠内细菌过度生长。
1.胃细菌增生
胃底腺在低酸或无酸、胃粘膜萎缩、胃术后运动或解剖异常(如胃大部分切除术后残留胃)中几乎没有壁细胞导致无酸。Sachs奥美拉唑可以抑制壁细胞H-K-ATP酶，使它失活。这种质子泵抑制剂与酶的结合是不可逆的，直到细胞中的新酶合成并运输到顶膜，酶活性才恢复。48h，服用奥美拉唑一次可能会持续48h低酸。
二、小肠淤积
(1)解剖原因:BillrothⅡ输入环、十二指肠空肠憩室、手术引起的盲环、再循环环环、肠狭窄、粘连、炎症和淋巴瘤引起的梗阻。
(2)小肠运动障碍:硬皮病、特发性小肠假性梗阻、移动复合运动缺陷或障碍、糖尿病自主神经病等。
（3）肠异常通道：胃-结肠或空肠-切除结肠瘘和回盲瓣。
3、其他
慢性胰腺炎，免疫缺陷综合征。
二、发病机制
1.小肠细菌的过度生长会直接或间接影响肠道的结构和功能，导致吸收不良。当小肠细菌过度生长时，细菌可以与宿主竞争饮食中的维生素B12。虽然内部因子可以抑制维生素中的需氧菌B12竞争使它们摄入维生素B12但小肠淤积可以为其摄入提供时间。此外，内因子不能抑制拟杆菌对维生素的影响B12的摄取，而肠菌本身虽能合成维生素B12，但它与菌体牢固结合，不能被宿主使用。因此，维生素可能会出现B12缺乏，不能通过口服因素来纠正。然而，由于肠菌合成的叶酸可以释放到肠腔，并可以被宿主使用，因此不会出现叶酸缺乏。
2、小肠细菌的过度生长会干扰胆汁盐的代谢，将胆汁盐分解为游离胆汁盐，后者被小肠迅速重新吸收。结合胆汁盐的减少，微胶颗粒不易形成，脂肪吸收不良，导致腹泻。此外，当肠腔内的游离胆汁酸达到一定浓度时，也会损害上皮细胞的亚微结构，影响糖和蛋白质的吸收。
