根据血栓形成部位的不同，本病的症状也不同，症状如下：
1、侧窦血栓
这种典型的症状是发烧、寒战、头痛和呕吐。大多数患者缺乏局灶性损伤体征，偶尔会出现患侧乳突区肿胀、浅表静脉愤怒和同侧颈部静脉压痛。一半的患者有乳头水肿，这可能与炎症扩散到海绵窦的范围不一致有关。嗜睡和昏迷并不少见，偶尔会发生抽搐。
2、海绵窦血栓
这种类型通常是突然发生的。患者有急性疾病、败血症、眼痛、眼眶压痛、眼睑、结膜和额头皮肿胀。眼眶肿胀导致眼球突出。球结膜水肿和眼睑下垂可导致复视、眼球活动有限甚至眼球固定。瞳孔可以大也可以小，对光的反应可以消失。少数患者视乳头水肿，乳头周围可见不同大小的出血灶。视力正常，部分患者视力丧失、角膜混浊、角膜溃疡。一侧海绵窦的症状通常首先出现，几天内迅速扩展到另一侧，双侧眼球突出、充血和固定，具有很高的诊断价值。
3、形成上矢状窦血栓
颅内压升高是本病的主要症状。患者一般状态不佳，全身衰竭、抑郁、发烧、头痛、乳头水肿。局灶表现为前额和前头皮水肿。
