引起旅行者腹泻的病原体可分为非侵袭性和侵袭性两类。霍乱、ETEC、EAEC、大多数病毒和引起食物中毒的细菌都属于非侵袭性病原体。由于病原体是非侵袭性的，没有组织变化，其感染主要在小肠内。因此，其临床特征是全身中毒症状不明显，无发热或明显腹痛。腹泻是一种水样大便和大量腹泻，不伴有内急后重，容易导致失水和酸中毒。大便中没有炎症细胞，病程一般较短。侵袭性病原体引起腹泻，肠道病变明显，可排出炎性渗出物，主要涉及结肠。其临床特点是全身毒血症状明显，包括发热、腹痛和内急后重。腹泻多为粘液血便或血便，便次多且量少。大便镜检查中有大量脓细胞和红细胞。乙状结肠镜检查显示弥漫性充血性炎症和浅表溃疡。志贺菌、沙门菌、EIEC、产气荚膜杆菌、耶尔森菌、空肠弯曲菌和一些特殊病毒性腹泻都属于这种类型。同一病原体可以参与多种腹泻的发病机制，因此其临床表现可以重复或相继出现。
