常发生进行性右心衰竭、休克、心脏猝死等并发症，具体介绍如下：
1、右心衰竭
肺动脉血栓阻塞后，通过组胺等神经反射和体液因子5-释放羟色胺、缓激肽、血小板激活因子、肺动脉痉挛、肺血流量减少、肺泡通气不良、肺表面活性物质减少、肺泡萎缩、肺通气/血流灌注比失衡、肺血流量相对增加、心搏急剧下降、右心室功能损失补偿，导致右心力衰竭。临床上约有23.7％肺栓塞患者急性右心衰。
2、心源性休克
由于肺循环阻塞，通过肺静脉回流到左心室的血流减少，左心室舒张结束时的充盈压下降，身体循环压力下降，心律和心肌收缩力通过兴奋交感神经增加，以保持心脏排血量的相对稳定。当心脏通过正频率和正肌肉力量无法弥补进一步下降、心脏排血、血压、内脏血管收缩、外周循环阻力、休克症状的变化时。由于休克是由肺循环阻塞引起的，因此被称为心外阻塞性休克。
3、心脏性猝死
心脏猝死是肺血管阻力和肺动脉高压引起的急性肺源性心脏病的严重并发症。当肺血管床的面积被阻塞时85％所谓时，即出现“断流”体循环压力急剧下降，导致猝死。
