真菌（霉菌）种类繁多，包括土壤、植物、牲畜和人体正常皮肤和粘膜表面。根据流行病学调查，人体内有许多真菌感染，个别地区组织细菌和球孢子菌的感染率高达50％以上，但大多数是亚临床类型，在短时间内未被发现。近二三十年来，由于广泛使用广谱抗生素治疗感染、抗代谢细胞毒性药物治疗恶性肿瘤、器官移植免疫抑制剂和激素的频繁应用，特别是在几种药物（如器官移植后的三种药物），降低了身体的防御功能，体内菌群失衡导致原始致病菌的真菌侵入人体。肺深真菌感染通常是由于吸入真菌孢子的灰尘。由于上述药物的广泛应用，肺真菌感染的发病率显著增加。
肺霉菌病有肺放线菌病、肺曲霉菌病、肺诺卡菌感染等常见类型。真菌病的诊断相当困难，因为真菌病大多是继发性感染，临床症状和体征往往是原发病的表现。取痰或分泌物进行涂片或培养，发现的真菌可能不是致病菌。肺放线菌病可用青霉素治疗，肺曲霉球病必须用两性霉菌治疗B磺胺嘧啶是肺诺卡菌病的首选药物。
