1.直肠指诊:检查人员感到肛门无紧迫感放松，要求患者收缩肛门，肛管括约肌收缩不明显或完全无收缩；如肛门损伤史，可触摸疤痕，部分患者可触摸肛管一侧收缩，另一侧无收缩，注意肛管直肠肿块、压痛等，手指退出肛门观察指套是否有粘液和血液。
2.内镜检查:观察肛门直肠或结肠畸形、疤痕、肛管皮肤和直肠粘膜糜烂、溃疡、充血、水肿、直肠息肉、直肠癌和肛管直肠癌。
排粪造影检查：通过动态观察力粪便排出、肛门提升等，了解肛门括约肌的功能，如直肠钡剂可通过肛门提升保留，表明肛门括约肌具有一定的功能；如果直肠钡剂不由自主流出，表明肛门失禁。
4.肛管直肠压力测定:大便失禁患者表现为肛管直肠压力降低、频率减慢或消失；肛管收缩压降低；直肠肛管抑制反射消失，如溃疡性结肠炎，导致大便失禁患者直肠顺应性显著降低。
5.直肠感觉测定:是将4cm×6cm带导管的大球囊放入直肠，然后注入水或空气。正常直肠的感觉阈值为45ml±5ml，如神经性大便失禁患者，其直肠感觉阈值消失。
6.球囊逼出试验:如果直肠感觉迟钝，正常容量不能引起排便反射，不能排出球囊，检查可以用来判断直肠感觉正常，也可以判断肛门括约肌功能，如肛门括约肌损伤无括约功能，球囊可以滑出肛门，或轻微增加腹压可以排出球囊。
7.检查盆底肌电图：括约肌缺损的损的部位和范围。
8.肛管直肠超声检查:肛管直肠的各个层次、内括约肌及其周围组织结构都可以通过肛管直肠内超声清晰显示，可以帮助诊断肛门失禁，如观察内括约肌是否完整，外括约肌是否有缺陷，以及缺陷的部位和范围，不仅可以帮助诊断，还可以为手术切口的选择提供一定的依据。
