牙菌斑可以通过三种方式引起全身性疾病，如下：
1.直接进入临近组织或器官
研究发现，牙菌斑是幽门螺杆菌的储存库，这里储存了大量的幽门螺杆菌。幽门螺杆菌可以通过口腔进入胃，在胃中“定居”引起慢性胃炎、胃溃疡、胃癌等。牙周炎患者的龈下菌斑含有大量的厌氧菌，可特定条件下吸入下呼吸道，定植在支气管末端和肺泡上皮，诱发肺炎。
2.进入血液循环引起菌血症
引起人类牙根尖周病的细菌有200多种，而引起牙周病的细菌有500种。研究表明，在拔牙、根管治疗、牙周手术和根刮伤的当天，一些细菌可以从感染部位到达心脏、肺和周围的毛细血管系统。当人类免疫功能正常时，进入血液循环的细菌在30分钟内被清除，不会引起临床症状，只有少数人出现1～2小时低热和不适；但当人体免疫力低下时，进入血液循环的细菌会导致感染和全身疾病，如亚急性感染性心内膜炎、急性细菌性心肌炎、脑脓肿、鼻窦炎、肺脓肿、咽炎、眼眶蜂窝织炎、皮肤溃疡和骨髓炎。
3.细菌代谢物的扩散导致全身疾病
牙菌斑的主要成分是细菌。这些细菌代谢的毒性产物可以成为全身性疾病的病因，直接刺激和破坏人体组织，也可以引起局部免疫反应和组织损伤。如慢性脑膜炎、脑梗死、急性心肌梗死、持续发热、特发三叉神经痛、毒素休克综合征、系统性粒细胞缺乏、妊娠异常、低体重新生儿等。
4.龋齿和牙周病
龋病俗称“虫牙”，这里的“虫”指菌斑中的细菌。牙菌斑牢固附着在牙齿表面，细菌摄入唾液中的糖，分解糖产酸，破坏牙齿，最终形成洞。
当牙菌斑靠近牙龈时，细菌产生的毒素和其他有害物质会刺激牙龈(俗称“牙肉”、“牙床”)，炎症，即牙龈炎。如果没有控制，牙龈炎可能发展为不可逆的牙周炎，导致牙槽骨损伤，最终导致牙齿松动和脱落。
