应与TORCH综合征(风疹、单纯疱疹、弓形虫病等。)中的其他疾病。此外，还需要鉴别梅毒、李斯特菌或其他细菌性和传染性脑病，如败血症、传染性单核细胞增多症和淋巴结核。主要依靠病原体和免疫学检查。
1.先天性弓形体感染 CMV性能和预后与先天性弓形体感染相似，主要依靠实验室检查鉴定诊断。
2.婴儿肝炎 肝病理变化可见肝细胞水肿和类似慢性肝炎的变化，也可引起重型肝炎变化。内涵体积累肝内胆管上皮细胞，引起胆管炎、胆汁沉积和黄疸。识别点是CMV实验室证实宿主体内有多系统、多器官的临床损伤HCMV入侵，可诊断为CMV感染。
3.病理性黄疸和其它传染性脑病、脑膜脑炎的鉴别主要取决于实验室检查结果的鉴别。
